灰指甲是一种常见的甲真菌疾病，其诊断主要依据临床表现及真菌学检查，有时要做多次检查而确定，临床中应与细菌性甲沟炎、先天性厚甲病、白甲症、银屑病甲病、慢性湿疹、甲扁平苔藓等疾病鉴别。
1、细菌性甲沟炎：细菌性甲沟炎常急性发病，症状与念珠菌引起的灰指甲相似，但有明显的红肿热痛等急性炎症，并可出现脓液。
2、先天性厚甲病：先天性厚甲病患者常有家族史，自幼发病，甲板变厚、混浊，但甲板光滑，真菌检查阴性。
3、白甲症：白甲病表现类似浅表白色甲真菌病，但表面光滑，白色云雾样改变见于甲板中，真菌检查阴性。
4、银屑病甲病：银屑病甲病患者头部、躯干或肢体有银屑病皮损，甲板为顶针甲，甲板增厚变形，也可出现甲分离、甲混浊、甲变色等改变，真菌学检查阴性。
5、慢性湿疹：慢性湿疹患者身体其它部位有湿疹样改变，常侵及掌跖、指、趾，甲板灰暗，有纵横嵴沟，真菌检查阴性。
6、甲扁平苔癣：扁平苔癣可侵犯甲板，形成甲板变形、甲板萎缩，根据全身皮损，甲板改变及真菌学检查阴性可以鉴别。
